Поиск редких болезнетворных аллелей с большим эффектом в финской популяции | Василий Раменский

Лектор: Василий Раменский, ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр профилактической медицины" Минздрава России Слайды: http://bioinformaticsinstitute.ru/sit...
Летняя школа по биоинформатике: https://bioinf.me/summer
Считается, что редкие геномные варианты сильно влияют на риски развития распространенных заболеваний и значения количественных фенотипических признаков. Несмотря на развитие технологий, современным исследованиям все еще не хватает достаточного количества образцов для достоверного выявления таких вариантов. В изолированных популяциях, прошедших через этап сильного уменьшения численности, например, в финской, вредные аллели могут наблюдаться с гораздо большими частотами, чем в обычных популяциях. Секвенирование 78 генов у 6,000 финнов показало важность наличия больших и хорошо описанных когорт для успешного поиска редких вариантов. В результате секвенирования экзомов 20,000 жителей северной и восточной Финляндии было обнаружено 43 новых ассоциации вредных вариантов с 25 признаками. Большинство обнаруженных новых вредных аллелей встречаются у финнов с частотами в 10-100 раз большими, чем в других европейских популяциях. Для выявления таких вариантов в других европейских популяциях потребовались бы выборки в сотни тысяч или даже миллионы индивидуумов. Василий рассказал про принципиальную возможность обнаружения редких клинически значимых вариантов с помощью секвенирования достаточно больших когорт и про эффективность использования изолированных популяций для решения такой задачи.